Pese a que los resultados de la elección federal solo le costaron el registro a dos partidos políticos, Encuentro Social y Nueva Alianza, el descalabro a nivel estatal fue mayor para el Partido de la Revolución Democrática, el Verde Ecologista, e incluso para el segundo lugar de los comicios presidenciales, el Partido Acción Nacional.
Algunas legislaciones electorales estatales no contemplan la figura de pérdida de registro para partidos con registro nacional, sin embargo, el hecho de no obtener el mínimo contemplado de votos, 3%, les quita el derecho de recibir financiamiento público del estado, conocido como prerrogativas, pero no así el de participar en elecciones.
En Tabasco, el secretario ejecutivo del Instituto Electoral y de Participación Ciudadana, Roberto Félix López, confirmó que tras el cómputo estatal, PAN, PES, PT, Panal y Movimiento Ciudadano perdieron su acreditación ante el órgano local. En Guanajuato, el PRD, Panal, PES y PT están en riesgo de perder su registro, al haber tenido tanto el partido del sol azteca como Panal 2.8% cada uno de la votación, mientras que el PT obtuvo 2.5% y a su vez Encuentro Social obtuvo 1.6%.
Pese a que aún no se dan a conocer los resultados de los cómputos distritales y municipales en el Estado de México, datos del PREP indican que PAN, PRD, PT, MC y Encuentro Social están por debajo del 1% en las votaciones, tanto en la elección de ayuntamientos como de diputados al Congreso local.
En el estado de Chihuahua, de acuerdo con la votación distrital, el PRD logró obtener un total de 2.41% de los sufragios, mientras el Partido Encuentro Social llegó al 2.47% de los mismos, lo cual indica que de no incrementar el porcentaje con el 2.31% restante de las actas, perderían el registro local. El Partido Nueva Alianza logró concentrar el 3.9% de la votación, por lo cual seguiría con el registro estatal.
El consejero del Organismo Público Local Electoral (OPLE) de Veracruz, Juan Manuel Vázquez Barajas, dio a conocer que los partidos que desaparecerán serán Encuentro Social y Nueva Alianza; mientras que el PT y MC accederán al financiamiento en elecciones locales como partidos de nueva creación.
Según los cómputos en Baja California Sur, perderán prerrogativas Movimiento Ciudadano, que logró el 1.26%, y el Partido Encuentro Social, que alcanzó el 2.41%.
Morelos es un caso excepcional, ya que ninguno de los once partidos con registro local lo pierde, por lo que PRI, PAN, PRD, Morena, Panal, MC, PT, PVEM, PSD, Partido Humanista y PES seguirán recibiendo prerrogativas estatales.
Cabe señalar que la gran mayoría de los partidos políticos con presencia en un solo estado perdieron su registro. En Zacatecas se despiden PAZ para Desarrollar Zacatecas, Movimiento Dignidad y el Partido del Pueblo; en Sinaloa, el Partido Independiente de Sinaloa (PAIS), y en el Estado de México, el Partido Vía Radical, pese a que logró obtener dos presidencias municipales.
